Sesuai dengan Permenkes No. 27 Tahun 2023 tentang Organisasi dan Tata Kerja Balai Besar Laboratorium Kesehatan Lingkungan mempunyai tugas dan fungsi sebagai berikut :

Tugas :

1. Melaksanakan pengelolaan laboratorium kesehatan lingkungan
2. Mendukung pelaksanaan tugas dari unit organisasi jabatan pimpinan tinggi madya yang berkesesuaian di lingkungan Kementerian Kesehatan setelah mendapat persetujuan dari Direktur Jenderal

Fungsi utama:

1. Penyusunan rencana, program, dan anggaran;
2. Pelaksanaan pemeriksaan laboratorium vektor, reservoir, zoonosis, dan kesehatan lingkungan;
3. Pelaksanaan surveilans kesehatan berbasis laboratorium vektor, reservoir, zoonosis, dan kesehatan lingkungan;
4. Analisis masalah kesehatan masyarakat berbasis laboratorium vektor, reservoir, zoonosis, dan Kesehatan lingkungan;
5. Pelaksanaan pemodelan intervensi dan/atau teknologi tepat guna di bidang laboratorium vektor, reservoir, zoonosis, dan kesehatan lingkungan
6. Pelaksanaan penilaian dan respon cepat, dan kewaspadaan dini untuk penanggulangan kejadian luar biasa/wabah atau bencana lainnya berbasis laboratorium vektor, reservoir, zoonosis, dan kesehatan lingkungan;
7. Pelaksanaan penjaminan mutu laboratorium vektor, reservoir, zoonosis, dan kesehatan lingkungan;
8. Pelaksanaan sistem rujukan laboratorium vektor, reservoir, zoonosis, dan kesehatan lingkungan;
9. Pelaksanaan pengelolaan reagen dan logistik di bidang laboratorium vektor, reservoir, zoonosis, dan Kesehatan lingkungan;
10. Pelaksanaan koordinasi pengelolaan biorepositori;
11. Pelaksanaan respon terhadap risiko nuklir, biologi, dan kimia di bidang laboratorium vektor, reservoir, zoonosis, dan kesehatan lingkungan;
12. Pelaksanaan bimbingan teknis;
13. Pelaksanaan jejaring kerja dan kemitraan;
14. Pengelolaan data dan informasi;
15. Pemantauan, evaluasi, dan pelaporan; dan
16. Pelaksanaan urusan administrasi.